Khả năng phân biệt màu sắc nằm ở đôi mắt muỗi. Đôi mắt này rất to, chiếm tới ¾ diện tích phần đầu, gồm nhiều mắt nhỏ ghép thành, gọi là “mắt ghép”. Mắt muỗi không những phân biệt được các vật khác nhau mà còn có thể nhận biết màu sắc và cường độ ánh sáng mạnh yếu.

Đa số các loài muỗi đều thích ánh sáng mờ; tối quá hoặc sáng quá đều không hợp "gu" của chúng. Khi chúng ta mặc quần áo sẫm màu, ánh phản quang hơi tối rất hợp với tập tính hoạt động của muỗi. Ngược lại, quần áo màu trắng phản quang mạnh sẽ xua đuổi muỗi tránh xa. Vì thế, người mặc quần áo sẫm màu dễ bị đốt nhiều hơn.

Đương nhiên do muỗi có nhiều loài khác nhau nên cường độ ánh sáng ưa thích của mỗi loài không giống nhau. Ví dụ, phần lớn loài muỗi vằn thích hoạt động ban ngày, còn các loài muỗi khác thích hoạt động vào lúc sẩm tối hoặc rạng sáng. Nhưng dù là loài muỗi nào, chúng cũng đều lẩn tránh nơi có cường độ ánh sáng cao. Ngay cả loài muỗi vằn thích hoạt động ban ngày thì cũng phải sau 3-4 giờ chiều mới tung hoành.